农业生物技术学报

北大核心,CA,JST,CSCD,

国内刊号:11-3342/S

国际刊号:1674-7968

农业生物技术学报杂志2025年第6期:基于全基因组重测序技术筛查北极白狐与北极蓝狐毛色候选基因及其nsSNPs

发布日期:

作者:郭建旭, 王东贤, 谢遇春, 乔贤, 彭永东, 巩元芳, 刘铮铸

单位:1 河北科技师范学院 动物科技学院/河北省特色动物种质资源挖掘与创新重点实验室, 秦皇岛 066004; 2 聊城大学 农学与农业工程学院, 聊城 252059

关键词:北极白狐,北极蓝狐,毛色,全基因组重测序,非同义单核苷酸多态性位点(nsSNP),关联性分析,

基金:河北省自然科学基金(C2021407011)

北极狐(Vulpeslagopus)毛色的多样性为研究毛色遗传调控提供了重要的模型,研究其毛色调控机制对毛皮动物的育种具有重要意义。本研究对北极白狐和北极蓝狐进行了全基因组重测序,选取基因外显子区的非同义单核苷酸多态性位点(nonsynonymoussinglenucleotidepolymorphism,nsSNP)作为候选位点,分析其对应的候选基因。通过功能富集分析,筛选出调控毛色的候选基因。然后以42只北极狐(白狐和蓝狐各21只)的皮肤组织基因组DNA为模板,对具有纯合突变nsSNPs的表皮生长因子(epidermalgrowthfactor,EGF)和腺瘤性息肉病(adenomatouspolyposiscoli,APC)基因进行验证。结果表明,重测序共获得8860718个SNPs和21150个nsSNPs的坐标信息,并注释到5787个基因;候选基因的nsSNPs结果与全基因组重测序一致;关联性分析显示,EGF基因c.3571C>A和APC基因c.6812G>A的变异位点分别与北极白狐和北极蓝狐毛色性状呈极显著相关(P<0.01)和显著相关(P<0.05)。结果表明,通过全基因组重测序和功能富集分析筛选出的APC和EGF基因中的特定变异位点可能影响北极白狐和北极蓝狐的毛色形成。本研究为北极白狐与北极蓝狐毛色形成的遗传机制解析提供了数据支持,同时为毛皮动物的分子育种和毛色多样性保护提供了理论参考。

来源:2025年第6期

《农业生物技术学报》期刊编辑部

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