农业生物技术学报

作者：张鑫, 张婷, 王怀中, 杨晴, 高世超, 王彦平, 王继英

单位：1 济宁市畜牧兽医事业发展中心,济宁 272004; 2 山东省农业科学院 畜牧兽医研究所/畜禽疫病防治与繁育重点实验室,济南 250100; 3 农业农村部畜禽生物组学重点实验室,济南 250100

关键词：大蒲莲猪,高密度SNP芯片,遗传多样性,群体结构,

基金：山东省农业良种工程项目(2020LZGC012); 山东省生猪产业技术体系(SDAIT-08-03)

由于系谱错误、留种不均衡和杂种个体混入等原因,地方猪保种过程中可能会出现群体近交系数增速过快、个体间亲缘关系不明等问题。为分析大蒲莲猪(Sus scrofa)保种群的遗传多样性和群体结构,监测保种群2017~2022年期间基因组信息变化情况,本研究利用高密度SNP芯片对110头大蒲莲猪全基因组SNP进行扫描,对比分析了2017年和2022年大蒲莲猪保种核心群样本的遗传多样性、近交系数、系统发生树以及与引进猪的关系。结果表明：1) 2022年大蒲莲猪样本的观察杂合度(observe heterozygosity, HO)(0.356 vs 0.292)、期望杂合度(expected heterozygosity, HE)(0.342 vs 0.285)和遗传距离(0.270 vs 0.233)均高于2017年样本,血缘同源(identity by descent, IBD)比例(0.108 vs 0.127)和基于纯合性片段(runs of homozygosity, ROH)计算的基因组近交系数FROH (0.108 vs. 0.163)低于2017年样本,系统发生树结构与2017年样本相似但家系间的均衡性增加,说明2022年核心群的遗传多样性比2017年有所提高,群体结构有所改善。2) 2022年样本的HO和HE比值(1.041 vs. 1.025)高于2017年样本,与引进品种的主成分分析(PCA)中,2022年样本比2017年样本更偏向于引进品种猪,说明大蒲莲猪中混有一定的其他群体血缘,且2022年大蒲莲猪群体中其他品种的血缘比2017年有所增加。本研究分析了大蒲莲猪群体变化趋势,为大蒲莲猪进一步的保种与科学利用提供参考依据。

来源：2024年第5期

《农业生物技术学报》期刊编辑部

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