农业生物技术学报

作者：王静琳, 吴旭东, 何志兵, 刘阳光, 王小芬, 丁月云, 郑先瑞, 张晓东, 殷宗俊

单位：1 安徽农业大学 动物科技学院,合肥 230036; 2 安徽省农业科学院 畜牧兽医研究所,合肥 230031

关键词：皖南花猪,SNP芯片,遗传结构,亲缘关系,家系结构,

基金：国家自然科学基金(31972531); 安徽省生猪产业技术体系项目(AHCYJSTX-05-01)

皖南花猪(Sus scrofa domesticus)是安徽省乃至中国不可或缺的宝贵猪种资源,研究皖南花猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构,对揭示皖南花猪目前的群体状况至关重要。本研究基于“中芯一号”芯片(Chinese Chip-1 BeadChip)检测32头皖南花猪的全基因组SNP位点,利用PLINK软件进行观察杂合度(observed heterozygosity, Ho)、期望杂合度(expected heterozygosity, He)和多态信息含量(polymorphic information content, PIC)的计算及连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH)的检测,分析皖南花猪群体的遗传多样性。通过GCTA软件构建G矩阵,解析皖南花猪群体的亲缘关系;MEGA X软件构建群体进化树,分析皖南花猪群体的家系结构。结果显示,32头皖南花猪共检测到42 662个SNPs位点,满足质控条件的SNP位点有21 317个;群体多态性标记比例(polymorphism marker ratio, PN)为0.500,有效群体含量(effective population size, Ne)为3,群体He为0.348,Ho为0.372,平均亲缘系数为0.11。G矩阵的结果显示,大多数皖南花猪之间存在中等程度的亲缘关系。ROH片段共有884个,ROH平均长度为(12.35±2.17) Mb,个体ROH平均长度为(341.19±139.58) Mb;基于ROH的平均近交系数为0.139±0.056,保种群的近交程度较低;聚类分析结果表明,皖南花猪公猪来源于5个血统。综上所述,皖南花猪保种群群体有效含量偏低,遗传多样性中等,近交程度中等,可能含有少量外来血缘。本研究为皖南花猪遗传资源的保护及利用提供科学依据。

来源：2024年第8期

《农业生物技术学报》期刊编辑部

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