农业生物技术学报

作者：孙大伟, 袁佳秋, 蔡梅, 洑香香

单位：1 南京林业大学 林学院,南京 210037;2 南京林业大学 南方现代林业协同创新中心,南京 210037

关键词：东京四照花,实时荧光定量 PCR,内参基因,

基金：江苏省林业科技创新与推广项目(LYKJ[2018]06)

利用实时荧光定量 PCR 技术(real-time fluorescence quantitative PCR, qRT-PCR)分析基因的表达时, 内参基因的选择对保证研究结果的准确性至关重要。本研究以东京四照花(Cornus hongkongensis subsp. tonkinensis)经过不同盐胁迫时间的根与叶为材料,基于转录组数据,选择9个候选内参基因：18S 核糖体 RNA (18S ribosome RNA, 18S rRNA)、翻译起始因子2(initiation factor 2, IF2)、转录延伸因子1(elongation factor-1α 1, EF-1- α1)、EF-1- α2、腺嘌呤磷酸核糖转移酶(adenine phosphoribosyltransferase, APT)、亲环蛋白1(cycloidea1, cyc1)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, GAPDH)、GAPDH2 和 β 微管蛋白(β-tubulin, TUB)基因进行 qRT-PCR 扩增。运用 GeNorm、NormFinder 和 BestKeeper3种软件对9个候选内参基因进行表达稳定性分析,最后用 RefFinder 程序综合分析、得出最适的内参基因,并利用目的基因超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)和过氧化氢酶(catalase, CAT)基因进行验证。实验结果表明, 18S rRNA 和 GAPDH 为盐胁迫下东京四照花各组织中表达最稳定的基因, EF-1- α2 是最不稳定的基因。但18S rRNA 的 Ct值较高,意味着18S rRNA 在各个组织中的表达量比GAPDH 低。验证结果也表明以 GAPDH 为内参基因时,目的基因相对表达量与转录组测序结果较为一致。 因此认为 GAPDH 为盐胁迫下东京四照花荧光定量 PCR 基因分析的最适内参基因。本研究可为后期研究东京四照花相关耐盐基因表达及功能提供参考。

来源：2023年第5期

《农业生物技术学报》期刊编辑部

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