农业生物技术学报

作者：陈灿灿, 蒋婧, 孙晓燕, 李杰, 刘良佳, 王高富, 周鹏, 任航行

单位：1 重庆市畜牧科学院,重庆 402460; 2 重庆市山羊工程技术研究中心,重庆 402460

关键词：酉州乌羊,权重基因共表达网络分析(WGCNA),富集分析,核心基因,

基金：国家自然科学基金(31672393)；重庆市科研院所绩效激励引导专项(cstc2021jxj180018)；重庆市级财政项目(22544C-22)

酉州乌羊(Capra hircus)是地方特色山羊遗传资源,研究其特色性状形成机制具有重要意义。本研究收集酉州乌羊心脏、肝脏、背最长肌、前唇、皮肤(每个组织各 3 个样本)共计 15 个样本的转录组数据进行分析,采用权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)软件包 构建共表达网络,并对特异性模块中的基因进行 GO 和 KEGG 富集分析。结果显示,心脏和肝脏各鉴定 出 1 个特异表达模块,其中心脏特异性蓝色模块内基因主要富集到柠檬酸循环信号通路和各种代谢过 程,肝脏特异性黄色模块内基因主要富集到过氧化物酶、氨基酸代谢过程和化学致癌等功能;宝石绿模块内基因主要富集到蛋白质结合等功能,绿色模块内基因主要富集到磷脂酰肌醇结合等功能,棕色模块内基因主要富集到细胞蛋白质代谢等生物学过程。通过 CytoHubba 插件算法,将宝石绿、蓝色和棕色模块中连通性靠前的 10 个基因定义为核心基因 ;利用 qRT-PCR 方法验证 3 个模块内 6 个核心基因的组织表 达,结果表明,ADCY9 和 ADCY6 基因在心脏和背最长肌表达量较高,AKT2 和 MAPK3 基因在前唇组织高表 达,CAMK2G 和 CAMK2B 基因在背最长肌高表达,与转录组测序结果基本一致。上述结果对于深入开展 酉州乌羊功能基因的生物信息学研究具有参考价值。本研究为我国地方山羊遗传资源特色性状的挖掘及开发利用提供基础资料。

来源：2023年第7期

《农业生物技术学报》期刊编辑部

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