农业生物技术学报

作者：朱运昌, 闪欣悦, 王豪靖, 赵雅迪, 景毓佳, 刘格格, 郝瑞杰, 马云, 魏雪锋

单位：1 信阳师范学院 生命科学学院,信阳 464000; 2 宁夏大学 农学院,银川 750021

关键词：长链非编码RNA (lncRNA),内源竞争RNA (ceRNA),牛,脂肪,RNA测序,

基金：国家自然科学基金(31802043); 信阳师范学院博士科研启动资金; 信阳师范学院研究生科研创新基金(2020KYJJ06)

长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)已知参与脂肪形成,但是其分子机制仍未明确。为进一步探索lncRNAs在脂肪沉积过程中的潜在作用,为肉牛(Bos taurus)改良提供理论基础,本研究利用高通量RNA测序技术在南阳牛和皮南牛背脂中共鉴定了3 040个lncRNAs,其中两种牛共同表达的lncRNAs有3 008 (98.9%)个。特征性分析发现,大多数(66.02%) lncRNAs长度集中在1 000~2 500 bp之间,且在所有染色体中均有分布;差异性表达分析显示,皮南牛与南阳牛相比共有67个差异表达的lncRNAs ,其中32个上调,35个下调。GO分析结果显示,差异表达的lncRNAs主要富集在脂类转运过程、膜的组成成分、脂质抗原结合等相关生物过程。KEGG通路分析显示,这些差异表达的lncRNAs基因主要富集在甘油磷脂代谢、醚脂代谢、甘油酯代谢、碳水化合物消化吸收等通路。为了探究lncRNA作用机制,初步构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,结果发现,LOC104972839/LOC107131703-miR-27b-磷脂酶A2组IVF (phospholipase A2 group IVF, PLA2G4F)/包含2A的主要促进子超家族结构域(major facilitator superfamily domain containing 2A, MFSD2A)可能与脂肪酸降解及脂肪沉积有重要关联,可作为候选目标进行脂肪发育机制研究。为了检测测序结果的可靠性,利用qRT-PCR进行表达水平鉴定,并利用在线软件进行编码能力预测,结果显示,差异表达lncRNAs表达水平与测序结果一致,且编码能力很低。本研究为脂肪沉积相关的lncRNA的发现和注释提供了新的见解,并为进一步阐明牛脂肪沉积的分子调控机制提供依据。

来源：2022年第10期

《农业生物技术学报》期刊编辑部

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