农业生物技术学报

作者：田青兰, 刘洁云, 黄伟华, 夏秀忠, 杨行海, 覃柳燕, 张英俊, 牟海飞, 吴艳艳

单位：1广西壮族自治区农业科学院 生物技术研究所,南宁 530007;2广西壮族自治区农业科学院 水稻研究所,南宁 530007

关键词：西番莲,SNP,系统发生树,SSR,通用性,

基金：国家自然科学基金(32060660); 广西科技重大专项(桂科AA22068091-1); 广西自然科学基金(2021GXNSFBA075044; 2019GXNSFAA245002; 2018GXNSFBA281024); 广西农业科学院优势学科团队项目(桂农科2021YT089); 广西农业科学院科技发展基金(桂农科2022JM53); 广西浦北百香果试验站项目(桂TS2022010)

西番莲(Passiflora spp.)是中国南方重要的果树,其种间进化关系尚不清楚,且缺乏通用性分子标记。本研究基于酶切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing, RAD-seq)技术对西番莲属6个种共10份种质的系统进化、SSR位点及标记通用性进行了研究。结果表明：EcoRⅠ是西番莲基因组简化测序较为适应的酶;依据剩余读长数/读长数,以'紫果7号' (P. edulis)(P4)的部分组装序列为参考基因组,利用检测到的46 451个高质量SNPs构建系统发生树,结果显示,蓝冠西番莲(P. caerulea)(P6)、红花西番莲(P. coccinea)(P7)、版纳西番莲(P. xishuangbannaensis)(P8)和大果西番莲(P. quadragularis)(P9)为一支,绿皮百香果(P. edulis)(P5)和哥伦比亚激情果(P. ligularis)(P10)为一支,金陵紫果(P. edulis)(P1)、芭乐味黄金果(P. edulis var. flavicarpa)(P2)、云南黄果原生种(P. edulis var. flavicarpa)(P3)和'紫果7号'在亲缘关系上更近;以版纳西番莲为参考基因组,利用12 452个高质量SNPs构建系统发生树,云南黄果原生种、'紫果7号'、红花西番莲、版纳西番莲、大果西番莲和哥伦比亚激情果都单独为一支,金陵紫果和芭乐味黄金果聚为一支,绿皮百香果和蓝冠西番莲聚为一支;在10份西番莲种质的基因组中共鉴定到2 614个SSR,其核心基序为AT、GA和AAG等2~6个碱基,重复数为4~16次,并成功开发了2 515对SSR引物;利用50对SSR标记评估西番莲各种质间的标记通用率为54.22%,栽培种西番莲(P1~P5)明显高于其他5个种属(P6~P10),而中国云南野生种版纳西番莲的通用率为0,推测是由于版纳西番莲与其他种质的亲缘关系较远,基因组序列上存在着较大的差异。本研究明确了不同种西番莲间的亲缘关系,为西番莲遗传改良提供理论依据,为西番莲分子标记辅助选择育种提供实用的SSR标记。

来源：2022年第11期

《农业生物技术学报》期刊编辑部

查看农业生物技术学报杂志2022年第11期