农业生物技术学报

作者：孙雪, 李胜杰, 杜金星, 姜鹏, 周家辉, 白俊杰

单位：1 中国水产科学研究院,珠江水产研究所,业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广州 510380; 2 上海海洋大学 水产科学国家级实验教学示范中心,上海 201306

关键词：草鱼,促生长激素释放激素(GHRH),SNP,生长性状,单倍型分析,关联分析,

基金：现代农业产业技术体系专项(CARS-45-04); 中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(2019ZX-001); 广州市科技计划项目(201906010004); 国家淡水水产种质资源库(NFGR-2020)

促生长激素释放激素(growth hormone-releasing hormone, GHRH)是调控生长激素释放的重要因子。为探索GHRH基因多态性对草鱼(Ctenopharyngodon idella)生长性状的影响,本研究采用PCR扩增得到GHRH基因的cDNA和DNA全序列(GenBank No. 2446387),其中cDNA序列全长为602 bp,DNA序列长为5 244 bp,包含5个外显子和4个内含子。通过直接测序法在该基因上筛选到12个SNP,分别位于核苷酸序列中的第670、1 798、2 340、2 782、3 925、4 227、4 371、4 420、4 497、4 976、5 025和5 232 bp处。采用SNaPshot技术对12个SNP标记进行基因分型,经一般线性模型分析SNP标记与性状相关性,结果显示,T+3925C、G+4227A、T+4420A、C+4497T、A+4976G和G+5025T标记完全连锁,组成单倍型标记D1,4个标记与草鱼生长性状存在显著相关性(P<0.05),分别是C+1798T、T+2340C、A+2782T和单倍型D1标记,其中C+1798T标记的CC基因型个体的体质量性状均值显著高于TT基因型个体(P<0.05)。T+2340C标记TT基因型的体质量、体长、体高和头长的性状均值显著高于CT基因型个体(P<0.05)。A+2782T标记的AA基因型个体的体质量和体长性状均值显著高于其他两种基因型个体(P<0.05)。单倍型D1标记的EE基因型(TTGGTTCCAAGG)体质量性状均值显著高于其他两种基因型个体(P<0.05)。对4个标记进行连锁不平衡分析发现,其两两组合间均处于强连锁不平衡状态(D'>0.8),具有6种单倍型分别为H1 (CTAE)、H2 (TTTF)、H3 (CTTF)、H4 (CTTE)、H5 (CCTE)和H6 (TTAE)。单倍型组合H1/H1 (CCTTAAEE)个体的体质量极显著性地高于除H1/H3个体之外的其他单倍型组合(P<0.01),且比群体平均体质量高9.96％。本研究获得标记C+1798T、T+2340C、A+2782T、单倍型D1标记和单倍型组合H1/H1均与生长性状显著相关,为草鱼分子标记辅助育种提供了候选标记,可加快草鱼良种选育进程。

来源：2021年第5期

《农业生物技术学报》期刊编辑部

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