农业生物技术学报

作者：杨丹青, 何晓丽, 杜志杰, 王树彬, 孙笠维, 林义章, 邵贵荣, 钟凤林

单位：1 福建农林大学 园艺学院,福州 350002; 2 福建农林大学 蔬菜研究所,福州 350002; 3 福建金品农业科技股份有限公司,福州 350002

关键词：不结球白菜,EST-SSR,多态性,

基金：福州市科技项目(2018-G-37)；国家青梗菜良种重大科研联合攻关项目(111821301354052283)；福建省科技重大专项专题“高产、优质、抗逆、广适的设施蔬菜新品种选育与产业化”(2018NZ0002-2)；福建省新世纪人才项目(KLa17011A)

由转录组测序信息获得的EST-SSR标记具有通用性好、保守性高、多态性丰富、共显性遗传等优点,广泛应用于植物种质资源的遗传多样性分析。本研究通过对不结球白菜(Brassica rapa ssp. chinensis)转录组高通量测序,挖掘SSR位点和开发EST-SSR标记,并进行引物的初步验证及其多态性分析。在不结球白菜转录组的48 817条Unigene序列中共搜寻到17 009个SSR位点,发生频率为18.44%,SSR分布频率为34.84%。不结球白菜SSR位点共包括212种重复基元。其中,单、二和三核苷酸重复为不结球白菜转录组SSR的主要类型,占SSR总量的98.31%。单核苷酸重复最多,占总量的39.70%,其优势重复单元为T/A (26.83%)。利用Primer Premier 3.0设计EST-SSR引物,在批量设计的引物中随机挑选40对进行合成并初步验证,25对引物在92份不结球白菜种质资源中均能扩增出预期大小的条带。其平均等位基因数3.72个,有效等位基因数(effective number of alleles, Ne)、Shannon's指数(Shannon's index, I)、多态性信息指数 (polymorphism information content, PIC)和基因多样性(gene diversity, GD)分别为2.710 8、0.999 1、0.488 4和0.545 2。所获得的EST-SSR引物可为不结球白菜及芸薹属其他植物的遗传结构分析、种质资源利用及遗传图谱构建提供有效的分子标记。

来源：2020年第1期

《农业生物技术学报》期刊编辑部

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