农业生物技术学报

作者：杨天燕, 蒋艳琳, 韩志强, 孟玮

单位：1 浙江海洋大学 水产学院,舟山 316022;2 浙江省海洋水产研究所/浙江省海洋渔业资源可持续利用技术研究重点实验室/农业部重点渔场渔业资源科学观测实验站,舟山 316021

关键词：江鳕,基因注释,高通量测序,转录组,

基金：浙江省省属高校科研院所基本科研业务费专项(2019J00024); 农业农村部农业行业标准制定和修订项目(181721301092371106); 浙江海洋大学人才引进科研基金(2016-2017)

江鳕(Lota lota)是鳕形目鱼类中唯一淡水性分布、且具有重要经济价值的冷水性种类,也是研究鱼类温度和盐度生态适应机制的重要材料。基于Illumina Hiseq-2500高通量测序平台对江鳕脑、肾脏和肝脏组织转录组进行测序,质量控制去除raw reads之后分别得到高质量clean reads 22 254 637、22 843 364和24 168 330条,总计20.78 Gb的clean data数据。通过Trinity组装得到106 084条unigenes,平均长度为706 bp。采用生物信息学方法与相关数据库比对,得到32 745个(30.87%)有功能注释信息的unigenes,其中基因本体数据库(Gene Ontology, GO)功能注释将unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56个分支;蛋白相邻类的聚簇数据库(Cluster of Orthologous Groups of Proteins, COG)功能注释包含了25个功能组分;KEGG代谢通路囊括6大类195小类。本研究通过对转录组测序数据组装及功能注释,为进一步深入挖掘和开发利用江鳕功能基因资源提供参考资料。

来源：2020年第2期

《农业生物技术学报》期刊编辑部

查看农业生物技术学报杂志2020年第2期