农业生物技术学报

作者：李国辉, 魏清宇, 张会永, 殷建玫, 薛倩, 朱云芬, 苏一军, 王克华, 邹剑敏, 韩威

单位：1 江苏省家禽科学研究所 国家级地方鸡种基因库,扬州 225125; 2 山西省农业科学院 畜牧兽医研究所, 太原 030032

关键词：边鸡,简化基因组测序(RAD-seq),选择信号,遗传进化,种质特性评价,

基金：江苏省六大人才高峰高层次人才项目(NY-024)、江苏省公益类科研院所自主科研经费项目(BM2018026-1)、国家自然科学基金(No. 31572358)和现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-42-G03)

边鸡(Gallus gallus)是我国珍贵的地方鸡遗传资源。从分子水平上探究边鸡保种群的遗传多样性和分子遗传进化,对该品种资源的保护具有重要意义。本研究利用简化基因组测序(restriction-site associated DNA sequence, RAD-seq)检测边鸡群体的SNP标记,通过计算遗传统计量,分析比较边鸡群体与其他地方鸡种群体的遗传差异,并对进化过程中受到选择的基因进行功能注释。结果在边鸡保种群体中鉴定出SNP标记319 723个,保种群体的观察杂合度(observed heterozygosity, Ho)为0.193,核苷酸多样度(Pi)为0.231,近交系数为0.167,近交水平相对较高。连锁不平衡分析表明,边鸡群体各等位基因不存在强烈的连锁不平衡现象。模型聚类结果表明,边鸡与大骨鸡、安义瓦灰鸡及狼山鸡聚为一类,亲缘关系较近。对鉴定出的前200个受到强烈选择的基因进行基因本体论 (Gene Ontology, GO)和京都基因与KEGG注释分析,这些差异基因主要富集在代谢、神经受体—配体的相互作用、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)、血管内皮生长因子等信号通路。基因功能分析的结果有助于了解边鸡的抗寒、耐缺氧、繁殖力、神经系统发育和抗逆性等特殊性状形成的分子机理,为我国地方鸡种的遗传进化、种质特性评价及品种保护提供理论依据。

来源：2019年第12期

《农业生物技术学报》期刊编辑部

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